在《沙丘》第一部的結(jié)尾保羅做了皇帝，被弗雷曼人奉若神明。但他的內(nèi)心卻非常不安。因為他之前的預言都實現(xiàn)了，他在預言里還看到了一場恐怖的圣戰(zhàn)。
盡管保羅非常不愿意看到圣戰(zhàn)的爆發(fā)，在他成為皇帝之后，這場殘酷的戰(zhàn)爭還是發(fā)生了。弗雷曼人在對穆阿迪布的狂熱信仰中開始了遠征，戰(zhàn)火蔓延至帝國的每一顆行星。他不情愿被人當做神一樣崇拜，但為了維持穩(wěn)定，又不得不接受這樣的角色。
帝國里還有一些人對保羅的統(tǒng)治感到不滿，于是召開一場密謀刺殺保羅的秘密會議。參加這場會議的有杰西卡的老師BG的老圣母蓋烏斯·海倫·莫希阿姆，伊勒瑯公主也就是保羅的皇后，她也是一位BG。姐妹會一直想得到保羅的基因，但是保羅拒絕和伊勒瑯公主生孩子。
參加會議的還有一個宇航公會的領航員，他的作用是屏蔽保羅的預知能力，因為領航員和保羅都無法出現(xiàn)在對方的預知之中。此外，還有一個變臉者，他們來自特萊拉，有點像《權利的游戲》里的無面者，能夠變成任何人的模樣。實際上馬丁老爺有很多情節(jié)都致敬了《沙丘》，而且國外很多大佬都以致敬《沙丘》為榮，恨不得直接告訴大家:你看，我這段是抄的《沙丘》。
特萊拉是一個神奇的星球，那里不僅以以培養(yǎng)變態(tài)的門泰特而聞名，他們還掌握了克隆和基因改造技術。特萊拉人從宇航公會那里買到戰(zhàn)死的鄧肯·艾達荷的尸體，然后克隆出了一個新的鄧肯，起名叫海特，再把海特當做禮物送給保羅，等待時機操控海特來刺殺保羅。
經(jīng)過特萊拉人改造過之后，海特擁有了門泰特的計算能力，卻沒有之前的記憶，于是很希望能找回之前的記憶然后變回鄧肯。海特仍然保持著對厄崔迪家族的忠誠，所以被送過去之后就勸保羅把自己扔掉，但保羅還是堅持把他留在了身邊。保羅的妹妹厄莉婭愛上了忠誠的海特。
與此同時，帝國暗潮洶涌，危機四伏。宇航公會得知沙蟲和香料之間的聯(lián)系，企圖抓走一條沙蟲走私到別的星球，然后培植香料。還有人在暗中推廣塔羅牌。預知就像一潭水，有人進行預知就會造成輕微的擾動。所以用塔羅牌占卜的人太多，就會把水攪混，從而影響保羅的預知能力，然而保羅還是預見了契尼的死亡。
伊勒瑯公主暗中給契尼下藥，阻止她懷孕。保羅知道了卻也不生氣，只是將計就計，因為這就是厄崔迪的光榮傳統(tǒng)……nonono！保羅預見到契尼是在生產(chǎn)的時候死的，所以伊勒瑯公主下藥實際上是推遲了契尼的死亡。
這一天有一個弗雷曼女孩兒跑來求見保羅，要保羅和契尼一起見她的父親，因為他手里有弗雷曼人反叛的情報。保羅一眼就看出她是一個變臉者，因為這個女孩和先前死在沙漠里女孩長得一模一樣。保羅又一次將計就計，還是跟著變臉者去了。不過幸好他沒帶契尼一起。
女孩的父親把一個由特萊拉制造的侏儒交給保羅，說這個侏儒知道所有反叛者的名字。保羅離開的時候遭到了熔巖彈襲擊，喪失了視力。按照弗雷曼的傳統(tǒng)，瞎子是要被扔到沙漠里去自生自滅的，因為資源有限，部落沒有辦法養(yǎng)著這種失去生存能力的人。所以斯第爾格勸保羅隱瞞，保羅卻說自己沒有瞎，還像以前一樣行動自如。因為保羅能夠借助預知能力看到眼前的一切。
侏儒其實是特萊拉人送過來控制海特的，他們也預先得知了契尼的死，于是想控制海特給保羅提出可以讓特萊拉人克隆契尼的建議。并且趁保羅思維混亂的時候殺死保羅，連保羅一塊克隆，然后在背后進行操縱。
結(jié)果契尼死訊傳來，在保羅身邊的海特接收到殺死保羅的命令開始和他的忠誠發(fā)生沖突。短暫的混亂之后，忠誠戰(zhàn)勝了命令，并且海特居然找回了曾經(jīng)屬于鄧肯的記憶，變成了真正的鄧肯。
鄧肯陪同保羅一起去看契尼，發(fā)現(xiàn)契尼生出的是一對龍鳳雙胞胎，然而保羅在他的預言里只看到一個孩子。在聽到孩子的哭聲的時候，保羅突然喪失了他的預知能力。
此時，厄莉婭也來了，帶來了之前假扮弗雷曼女孩的變臉者。她借口可以幫保羅克隆契尼，卻突然劫持了雙胞胎。關鍵時刻保羅又能看見了，原來他和兒子的視力聯(lián)通了，趁機用飛刀殺死了變臉者。
保羅給自己的兒子起名叫雷托，女兒起名叫甘尼瑪。這兩個孩子都跟他們的姑姑尖刀圣厄莉婭一樣生下來就有祖先的記憶。這件事之后，保羅是瞎子的事就曝光了，他決定遵照弗雷曼的傳統(tǒng)，自我流放，獨自走進了茫茫沙海。《沙丘救世主》到這里就結(jié)束了，在第一部里保羅害怕和擔心的事都發(fā)生了，沒有人能理解這個強大的皇帝有多無奈，直到他走進沙漠的那一刻，終于可以解脫了。一個圓滿的結(jié)局可以是悲傷的，一個悲傷的結(jié)局卻可以是超脫的。
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