公元2068年，一場史無前例的星際劫難席卷了整個宇宙。
塞博特恩，一顆美麗、和平的星球。生活在這顆星球上的，是一群有著高度智能的機械人，稱為“變形金剛”。在這場毀滅性的災難中，塞博特恩遭遇到了前所未有的破壞，變形金剛們也由此分化為兩個派系。
一群是以鐵威龍為首的戰(zhàn)士型機械人——飛天虎，他們擁有強大而先進的軍事力量。野心勃勃的鐵威龍企圖利用這次劫難，控制塞博特恩，并進一步掌控銀河系。
而另一群工業(yè)型機械人——機車人，在其首領天行者的領導下，與飛天虎展開英勇不屈的抗爭。
但由于雙方在軍事力量上的懸殊差距，機車人難以抵抗飛天虎的攻擊，只得駕乘宇宙飛船逃離塞博特恩。鐵威龍窮追不舍，率眾追擊，一心要將機車人消滅殆盡。
在漫長的星際追逐與戰(zhàn)斗中，雙方宇宙飛船的能量逐漸耗盡，加之又遭遇到隕石星群的襲擊，雙方的宇宙飛船先后墜落到了地球表面。
飛天虎的飛船墜入大海，而機車人的飛船則墜落到了亞洲東部的一座山谷中。
若干年后，一次劇烈海嘯產(chǎn)生的巨大能量，將沉睡海底的飛天虎們再次喚醒，鐵威龍便以海底為基地，重新建立起自己的軍事要塞，并開始派遣飛天虎們四處劫掠資源，企圖重返塞博特恩。
與此同時，深埋于山谷中的機車人也在一次地震中重新復蘇。
雙方的生死之戰(zhàn)又在地球上再次展開…
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